Tả Tông Đường dẫn quân băng qua sa mạc tiến vào vùng Tarim (Tân Cương) đàn áp cuộc khởi nghĩa do thủ lĩnh A Cổ Bá (1820 – 1877) lãnh đạo ở Tân Cương, và giải phóng Y Lê từ tay người Nga. Trong thời gian này, nhà Thanh chi tiêu quân phí rất tốn kém. Từ năm 1875 đến 1878, mặt trận phía Tây (Turkestan, Tân Cương) tốn mất 51 triệu lạng bạc, trong đó 14 triệu lạng bạc được các ngân hàng của Anh cho vay, triều đình cung cấp 26,7 triệu lạng bạc trong vòng 3 năm.

Năm 1865, Hạo hãn Cổ quốc A Cổ Bá xâm nhập Tân Cương, chiếm giữ vùng biên giới phía nam Tân Cương, thành lập nước Triết Đức Sa Nhi Hãn. Năm 1870, A Cổ Bá đem quân tiến lên phía bắc đánh chiếm Ô Lỗ Mộc Tề. Tháng 5 năm 1872, A Cổ Bá ký kết với nước Nga điều ước cắt nhượng đất đai cho Nga. Hai nước Anh và Nga ganh đua trong việc ủng hộ A Cổ Bá, đưa đến hàng vạn khẩu súng từ Ấn Độ. Chỉ trong một chuyến hàng đưa sang từ Ấn Độ, số lượng vũ khí đã lên tới 22.000 khẩu súng, 8 đại bác, 2.000 đạn pháo. Đế quốc Ottoman cũng công nhận A Cổ Bá là lãnh tụ chính trị Hồi giáo và gửi đến 12.000 súng trường, 8 khẩu đại bác. Quân số của A Cổ Bá lên tới 45.360 người, được sĩ quan Ottoman huấn luyện.

Năm 1875, Tả Tông Đường được thăng Khâm sai đại thần Đốc biện Tân Cương quân vụ, Văn Hoa điện Đại học sĩ. Tả Tông Đường biết ông không thể trông đợi kiếm đủ thực phẩm cho binh sĩ tại vùng đổ nát này và ông phải giữ một nguồn tiếp liệu dài gần 10.000 km mà không có xa lộ hay đường xe lửa để bảo đảm cung cấp cho đều đặn. Thực tế đã ảnh hưởng to lớn đến chiến lược của ông trong kỳ chinh phạt này.